Molnár Antal történész 1994-ben megkezdett római levéltári kutatásai először csak a magyar hódoltság jezsuita missziói történetének feldolgozását célozták meg, ez azonban hamarosan a szentszéki missziószervezés egészének vizsgálatához és feldolgozásához vezetett. 1999-ben megvédett PhD disszertációjának kibővített, publikált változata, a "Katolikus missziók a hódolt Magyarországon" című, közel 600 oldalas monográfia, emellett a kalocsai érsekség, a szegedi ferences kolostor, legutóbb pedig a Dunántúl katolikus missziói török kori történetének feldolgozásai túlnőttek a szorosan vett egyháztörténeten: a 16-17. századi művelődéstörténet egyik, eddig alig ismert részletét dolgozták fel, és bőségesen foglalkoztak a magyarok és a hódoltságba betelepedő délszlávok, illetve keresztények és muszlimok együttélésével. S mivel már munkája kezdetén látta, hogy Magyarország török harmada nemcsak politikailag, hanem a katolikus egyházszervezésben is a Balkán-félszigethez kötődött, egyre behatóbban foglalkozott a balkáni viszonyokkal és a hódoltság balkáni népességével is. A boszniai ferencesekről és ennek ürügyén Bosznia máig ható, sajátos fejlődéséről írt tanulmánya remek.